Der Dünndarm (Intestinum tenue) und Dickdarm (Intestinum crassum) sind zwei elemantare Bestandteile des Verdauungstraktes beim Menschen. Grob vereinfacht findet im Dünndarm die Verdauung und Aufnahme der Nahrungsbestandteile statt, während im Dickdarm dem Stuhl die übrig gebliebene Flüssigkeit entzogen wird. Der Dünndarm besteht aus Zwölffingerdarm (Duodenum), Leerdarm (Jejunum) und Krummdarm (Ileum), womit er eine ungefähre Länge von 4 bis 5,5m erreicht. Seine Aufgabe ist die Verdauung von Nahrungsbestandteilen, sowie die Aufnahme von Nährstoffen (Kohlenhydrate, Eiweiße, Fette), Vitaminen und Flüssigkeit. Bei mittlerer Bakterienbesiedelungsdichte herrscht im Dünndarm ein sauer bis alkalischer pH-Wert. Es finden sich u.a. Kulturen von Laktobazillen, Streptokokken und Bifidobakterien im Dünndarm vor. Im Vergleich dazu besteht der Dickdarm aus Blinddarm (Caecum), Grimmdarm (Colon) und Enddarm und erreicht eine Länge von 1,5m. Seine Aufgabe ist die Resorption von Wasser und die temporäre Speicherung des Stuhls. Der pH-Wert ist sauer und die Dichte der Besiedelung mit Darmbakterien hoch. In diesem Teil des Darms dominieren eher Clostridien, Proteobacteria, Streptokokken und Staphylokokken. Die Nahrung verweilt im Dünndarm ungefähr 6 bis 10 Stunden und damit nur halb so lang wie im Dickdarm. Durch die vorhandenen Darmzotten im Dünndarm ist die Resorptionsoberfläche im Dünndarm um ein vielfaches höher, als im Dickdarm. Die Darmzotten verbessern die Aufnahme der Nährstoffe aus den Nahrungsbestandteilen enorm. Im Dickdarm sorgen Schleimhautfalten für eine größere Oberfläche zur Aufnahme von Flüssigkeit. Typische Erkrankungen, die den Dünndarm betreffen, sind Morbus Crohn, Zöliakie oder Zwölffingerdarmgeschwüre. Den Dickdarm betreffen unter anderem Erkrankungen wie Colitis ulcerosa oder das Reizdarmsyndrom.