Zur allgemeinen Übersicht und zum besseren Verständnis von einzelnen Phänomenen wie der Eutrophierung oder den Stoffkreisläufen im See, ist es zunächst einmal wichtig sich einen Überblick über die einzelnen Zonen im Ökosystem See zu machen:

 
Freiwasserbereich (Pelagial): Das Pelagial umfasst den gesammten Bereich des Wassers: vom Uferbereich, bis hin zur Mitte des Sees.

Bodenbereich (Benthal): Der Bodenbereich eines Sees besteht aus dem sichtbaren (oberhalb des Wassers) und nichtsichtbaren Bereich (unterhalb des Wassers) am See und lässt sich in zwei Regionen einteilen:

Uferregion (Litoral) : In der Regel mit Pflanzen bewachsender Uferbereich. Das Litoral geht in das Profundal über. Kriterium zur Unterscheidung beider Regionen ist das Licht: Die durchlichtete Bodenzone gehört zum Litoral.
Tiefenregion (Profundal) : Undurchlichtete Bodenzone, vom Ende des Benthal bis zum Bodenbereich des Sees. Photosynthese ist hier für Organismen nicht möglich.

Nährschicht (Epilimnion): Das Oberflächenwasser ist am stärksten von Temperaturschwankungen betroffen. Im Sommer wird die Schicht durch Sonnenstrahlung aufgeheizt und im Winter eingefroren. Ganzjährlich diffundiert aus der Luft Sauerstoff in das Oberflächenwasser. Zusätzlich kann Phytoplankton durch die hohe Lichtintensität hier am besten Photosynthese betreiben, weswegen der Sauerstoffgehalt (hauptsächlich im Sommer) sehr hoch ist und mit sinkender Lichtintensität abnimmt. Die Bezeichnung Nährschicht (oder auch trophogene Zone) kommt von der Tatsache, dass in dieser Schicht mehr Sauerstoff durch photosynthese-betreibende Organismen produziert wird, als durch Zellatmung aerober Organismen verbraucht wird. Insgesamt kommt es so bei der Photosynthese der Produzenten (Phytoplankton, Wasserplanzen) zu einer Produktion von Biomasse.

Sprungschicht (Metalimnion): Das Metalimnion trennt das Epilimnion vom Hypolimnion und zeichnet sich durch einen sprunghaften Temperaturabfall aus. Die Bilanz von Sauerstoffproduktion und Sauerstoffverbrauch gleicht sich inetwa aus.

Zehrschicht (Hypolimnion): Die Temperatur beträgt hier wegen der Dichteanomalie des Wassers konstante 4°C. Bei 4°C haben H₂O-Moleküle die höchste Dichte: Sie sind damit schwerer als thermisch kälteres Wasser und sinken auf den Grund des Sees. Auch im Winter herrscht so eine konstante Temperatur in der Tiefenschicht, wodurch z.B. Fischen ein Überleben erst ermöglicht wird. Wäre das Hypolimnion im Winter ähnlich kalt wie das Epilimnion, würden alle Lebewesen am Grund des Sees erfrieren. In der Zehrschicht, oder auch tropholytischen Zone, wird mehr Sauerstoff verbraucht als durch Photosynthese neu produziert werden könnte. In der Regel wird aufgrund des Lichtmangels aber gar kein Sauerstoff produziert. Es kommt dementsprechend auch zu keiner Biomasseproduktion, sondern nur zu einem Verbrauch der absinkenden Biomasse aus der Nährschicht (es wird nur 'gezehrt').