Allopatrische Artbildung gilt als einer der Hauptgründe für das Entstehen neuer Arten und setzt eine geografische Isolation von mindestens zwei Teilpopulationen voraus. Gründe für diese Art der geografischen Separation können zum Beispiel sein:

Kontinentaldrift
Gebirgsbildung
Klimawandel (z.B. Wüstenbildung o. Veränderung des Meeresspiegels)
Zufälliges abdriften in Isolate (z.B. Inseln, siehe Darwinfinken)

Da fortan kein Genfluss (keinerlei Möglichkeit Allelen auszutauschen) mehr zwischen den beiden Populationen besteht, entwickeln sich die Teilpopulationen aufgrund von unterschiedlichen Selektionsfaktoren, Mutationen und auch unterschiedlichen Allelen im Genpool auseinander. Die Selektionsfaktoren wirken anders, weil sich die Umweltbedingungen in beiden Gebieten nicht gleichen. Mutationen treten zufällig auf und betreffen deshalb nicht beide Populationen gleichermaßen. Und zuletzt sorgt der Flaschenhalseffekt für eine ungleiche Verteilung der Allelen im Genpool. Es ist denkbar, dass bestimmte Allelen nur in einer der beiden Teilpopulationen vorhanden sind.

1. Ursprungspopulation
2. Plötzliche geografische Barriere trennt die Population in zwei Teilpopulationen. Fortan besteht kein Genfluss mehr. Theoretisch wäre der Austausch von Allelen aber noch möglich.
3. Zufällige und verschiedene Mutationen treten in den Populationen auf
4. Die Mutationen verbreiten sich im Genpool der jeweiligen Teilpopulation. Des Weiteren sorgt ein unterschiedlicher Selektionsdruck in den jeweiligen Populationen zusätzlich für eine unterschiedliche Entwicklung.
5. Die geografische Barriere wurde aufgehoben. Genfluss zwischen den beiden Teilpopulationen ist nicht mehr möglich (siehe reproduktive Isolation), weil sich die Populationen zu sehr auseinander entwickelt haben. Ergebnis: Aus einer Art wurden zwei!